这是RFID目前最致命的缺点，仅RFID标签一项在日本的制作成本(印刷成本占主电感要比例)就达到十几元人民币，而条码标签的单位成本只有0.l元。目前全球RFID标签的年需求量大约是1000万片，而只有需求量超过50亿片后，价格才能降到2美分。沃尔玛的RFID技术合作商Tag-istics公司总裁克里斯多夫介绍说，一套RFID系统在美国定价(包括项目实施)一般在250万美元左右，大型系统还要高得多。中铁快运这几年一直在不断测试RFID系统的效果，并将其小范围试点，最终发现投入太大，作为一个企业无法单独承担这部分的投入。
3.标准不统一
目前主要有以贴片电感生产下三个标准：国际标准、欧美的EPC标准和日本的UbiquitousID。其中由美国麻省理工学院MIT发起的Auto-IDCenter非盈利性组织在规范RFID应用方面所发挥的
作用将越来越明显。Auto-IDCenter在对RFID理论、技术及应用研究的基础上，所作出的主要贡献如下：
①提出产品电子代码EPC(ElectronicProductCode)概念及其格式规划。为减化电子标签芯片功能设计，降低电子标签成本，扩大RFID应用领域奠定了基础。
②提出了实物互联网的概念及构架，为EPC进入互联网搭建了桥梁。
③建立了开放性的国际自动识别技术应用公用技术研究平台，为推动低成本的RFID标签和读写器的标准化研究开创了条件。
尽管如此，由于RFID缺乏统一技术标准，所以目前的技术还不能保证所有的标签和阅读器实现兼容。因此在希望应用RFID的仓库中，也许需要不止一种阅读器，以此来分别处理来自不同硬件商生产提供商的不同标签。
4.安全问题
由于RFID最终是要接到互联网上的，这就涉及到和信用卡一样的所谓安全保密问题。
5.隐私问题
RFID可以依靠标签进行追踪，一个人购买了酒以后，通过追踪酒瓶上的标签就可以了解到酒瓶拥有人的行踪以及生活习惯。
